Beh...in linea di massima concordo con Ummon sul discorso reinstallazione, magari evitando di reinstallare le stesse applicazioni e/o release di applicativi perchè poi ti ritrovi di nuovo nella stessa situazione.
E' pur vero però che un rootkit (lkm) si trova abbastanza facilmente, devi essere un pò rinco per non accorgertene.