E allora c'è poco da fare. Aggiungi un field in clientregister.tpl
<tr><td class="fieldarea">C.F.</td><td><input type="text" name="codicefiscale" size=30 value="{$codicefiscale}"></td></tr>
E richiamalo in fattura alla posizione giusta
$pdf->Cell(0,4,"C.F. ".$clientsdetails["codicefiscale"],0,1,'L');